Facultatea de Stiinţe ale Naturii îşi reîncepe activitatea în 1990, odată cu deschiderea porţilor Universităţii „Ovidius”, instituţie de învăţământ superior înfiinţată prin strădania unui număr de intelectuali şi medici entuziaşti din municipiul Constanţa la care trebuie adăugat întregul corp didactic al Institutului de Subingineri Constanţa – care au găsit sprijin la primul ministru al României din acea perioadă – Petre Roman.
În anul 1990, cursurile încep pe data de 5 aprilie, cu două specializări - Biologie și Medicină, organizate până în toamna aceluiași an ca facultăți distincte. Prin Ordinul Ministrului Învățământului nr. 7429 din 20 martie 1990, se înființează facultățile de Biologie și respectiv Medicină. Prin Ordinul Ministrului Învățământului nr. 7429 din 20 martie 1990 este numită conducerea administrativă provizorie a Facultății de Biologie: dr. Adrian Bavaru, Director al Liceului de Științe ale Naturii „Mihai Eminescu” din Constanța, în funcția de decan provizoriu; Dr. Juliu G. Muller, Cercetător Principal II în cadrul Institutului Român de Cercetări Marine; Dr. Oltenia Mariana Skolka; Dr. Marian - Traian Gomoiu, Cercetător Principal în cadrul Institutului Român de Cercetări Marine; Dr. Alexandru Bologa, Cercetător Principal în cadrul Institutului Român de Cercetări Marine.
La specializarea Biologie, prima serie de studenţi urmează cursurile anilor I și II în perioada aprilie 1990 – iunie 1991, în regim condensat, fără a beneficia de vacanţă de vară. Cursurile acestei serii erau organizate pe durata a 5 ani, iar programa analitică era structurată în conformitate cu programele analitice de la specializările de acelaşi profil din Bucureşti, Iaşi şi Cluj. Cei aproximativ 60 de studenţi au fost organizaţi pe două grupe – Didactică şi Biotehnologie. În toamna anului 1990, facultatea este restructurată – sub denumirea de Facultatea de Stiinţe - și avea în componenţă secţiile de tip universitar - Biologie, Educaţie Fizică şi Sport, Fizică - Chimie, Matematică - Fizică, şi economic - Relaţii Economice Internaţionale şi Turism-Servicii. Primul decan al facultăţii este ales dr. Adrian Bavaru. În vara aceluiaşi an, este înfiinţată secţia de Ecologie şi Protecția Mediului.
Ulterior, au loc mai multe restructurări: specializările de matematică şi stiinţe economice se desprind pentru a forma facultăți distincte, iar Facultatea de Stiinţe devine Facultatea de Stiinţele Naturii şi Agricultură. O nouă restructurare are loc în 1999, secţiile de Chimie, Fizică şi Fizică - Chimie formând o facultate separată. În cadrul facultãţii, se înfiinţează în anii care urmează şi alte specializări: Agricultură – în 1992, Chimie - din 1997, Fizică – din 1998, Geografie – în 1999, Horticultură – în 2000.
În prezent, facultatea include specializările: Agricultură, Biologie, Ecologie şi Protecția mediului, Geografie, Geografia turismului, Horticultură, Știința mediului, 7 programe de master, iar în facultate îşi desfăşoară activitatea o şcoală doctorală în domeniul Biologie.
Facultatea este organizată într-un departament, respectiv Departamentul de Științe Naturale, iar corpul profesoral include 35 de cadre didactice – profesori universitari, conferențiari, lectori și asistenți universitari - cu pregătire de specialitate în toate domeniile facultăţii.